1.产业链建设不完善，部分关键材料和零部件缺乏量产能力
目前，我国氢燃料电池汽车产业链已形成雏形，但产业链体系建设尚不完善，尤其是部分关键零部件和材料尚不具备量产能力，需要依赖进口，如质子交换膜、催化剂、碳纸/碳布、空压机、氢喷射泵等，进口价格高昂，阻碍了国内燃料电池产品的产业化进程。其中质子交换膜基本被杜邦、3M、戈尔公司等巨头垄断，进口价格高达600美元/m^2，国内公司的质子交换膜产品尚处于试验阶段。
在燃料电池产业起步初期，采用进口部件组装是可行路径之一。但若长期依赖进口，自主化水平得不到提升，燃料电池产业将陷入技术空心化境地。如果为了利用国家支持政策获得补贴，不深入研究技术，不严谨开发产品，将对燃料电池产业发展产生重大打击。
2.氢源产业链尚未建立，车用高纯氢价格高昂
虽然我国氢气年产量已逾千万吨规模，位居****，工业副产氢资源丰富，可再生能源弃电量庞大，为我国开展大规模副产氢提纯和电解水制氢工作提供了优势条件，但氢源产业链尚未建立完善。
目前国内从事氢气提纯的企业较少，生产规模不大，车用高纯氢产量不足，而且分布不均；国内氢气运输当前只能采用管束车或高压氢瓶运输，运输成本高昂。加氢站的关键零部件，如加氢枪、高压管线、管件、阀门等，当前仍需依赖进口，大幅度提高了建站成本，延长了建站周期。以上因素导致氢气终端销售价格居高不下，严重阻碍氢燃料电池汽车推广应用。
3.政府鼓励氢燃料电池汽车产业发展，但缺乏配套措施
2016年12月，财政部等4部委发布《关于调整新能源汽车推广应用财政补贴政策的通知》，明确提出，除燃料电池汽车外，各类车型2019～2020年中央及地方补贴标准和上限，在现行标准基础上退坡20%。从补贴政策看，国家鼓励扶持燃料电池汽车产业的态度非常明确。
氢燃料电池汽车产业发展需要组合式扶持政策，不仅需要购置补贴，更需要在氢气制取、加氢站建设和车辆运营等多方面给予配合支持，如国家对充电基础设施建设有明确的鼓励政策，对于加氢站建设的支持原先有400万元的支持，却在后续政策中取消了。
4.加氢站建设审批缺乏规范，企业面临重重困难
目前我国缺少国家层面的规范化的加氢站规划建设审批规定，地方在审批加氢站建设时无据可依，需要各自摸索，造成各地主管部门和审批流程不统一，企业需要耗费大量的人力物力和时间成本，与各个城市单独洽谈。
由于没有明确统一的流程，审批效率极其低下，国内加氢站从选址规划到建设完工，平均需要2年时间，甚至个别地方耗时5年还在推进过程中。